Jabatan Perlindungan Tumbuhan (JPT) memberi tumpuan pengajian ke arah usaha penyelesaian masalah perosak, dan teknologi penyelesaian masalah ini secara bersepadu dan mampan melalui penggunaan agen kawalan semula jadi dan diperkemaskan dengan kawalan gunaan seperti kawalan kultur, biologi, kimia dan lain-lain. Displin yang diutamakan termasuklah entomologi, patologi tumbuhan, sains rumpai, pengurusan perosak dan perosak vetebrata.

Matlamat jabatan menjurus ke arah mencapai status kecemerlangan dalam pengajaran, penyelidikan dan pengembangan teknologi perlindungan tumbuhan di tropika.